第二次世界大戰給了輝瑞公司又一次發展的機會，輝瑞公司是當時唯一使用發酵技術生產青霉素的企業，不僅產量極大且生產成本非常低，向美國軍方提供了大量相對廉價的青霉素產品，公司也利用這一機會飛速擴張。
戰后的輝瑞公司進一步加強了藥物的生產與研發，并于1951年研發廣譜抗生素土霉素成功。此后的四環素、吡羅昔康等藥物的成功研發都給輝瑞帶來了巨大的經濟利益。這些藥物很多成為臨床的經典藥物，而輝瑞的很多研發案例也因而成為藥物設計的經典案例。1956年，輝瑞正式進軍大中華市場，并成立香港分公司。
1998年，輝瑞公司研發的西地那非（萬艾可）上市，并且獲得空前成功，據統計在全世界，每秒鐘就有四粒“萬艾可”被患者服用，輝瑞公司也因為萬艾可在商業上的巨大成功，先后以930億美元收購華納--蘭伯特藥廠（Warner-Lambert）和以600億美元買下Pharmacia法瑪西亞，成為美國最大的藥品生產企業


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